医疗级基因检测结果会更准确吗
在疾病尤其是癌症发病率和死亡率居高不下、健康管理意识日渐增强、居民消费能力显著提升的当下,基因检测已被公认为是朝阳赛道。
基因检测市场主要分为消费级基因检测产品和医疗级基因检测产品。医疗级基因检测解决的问题报告、疾病的诊断和治疗、出生缺陷的预防、不孕不育和优生优育。我们主要说的是遗传病检测领域。
大家一听到基因检测都会有疑问“这也可以检测么?”、“基因检测是智商税吗?”、“基因检测到底准确吗?”……
那么,都2022年了,基因检测到底是更精确还是依旧是智商税?
遗传病检测领域
基因是遗传的基本单位,通过决定蛋白质的表达进而影响人类的生老病死,随着细胞分裂基因也在不断的复制,复制过程中会引入一些错误,即变异,大部分变异是良性的,但也会有极少的变异是致病性的,若变异存在于生殖腺中,就有可能遗传给下一代,即遗传性疾病。
基于检测目的可分为诊断和筛查两大类:
诊断
即为遗传病患者遗传病因的分析,直接面向患病人群。首要解决的问题是解答病人究竟得了什么病,接下来根据疾病的遗传学诊断结果做出诊疗方案。但是目前大多数遗传病还没有精准治疗的方案,尚处于对症治疗的阶段。肿瘤用药的选择目前是基因检测精准治疗的一个主要应用方向。对于无法治疗的遗传病,除了诊断,基因检测诊断结果明确的患者可通过第三代试管婴儿的技术阻断遗传变异向下一代的传递。
筛查
即为对目标疾病或变异的检测,面向的是正常人群或者尚未发病的人群。比如遗传病携带者筛查,人并非有了致病变异就会得病,常染色体隐性遗传病和X连锁隐性遗传病需要携带纯和或者复合杂合致病变异才会发病,杂合变异仅为携带者,本人不会患病,但若配偶也为相同基因致病变异携带者,后代则有患病的风险,通过携带者筛查结合第三代试管婴儿技术即可避免部分遗传病患儿的出生,达到优生优育的目的;又比如新生儿遗传代谢病筛查,部分携带遗传代谢病致病突变的新生儿可能尚未发病,若提早发现,早干预,早治疗,可避免出现不可逆的损伤。
变异致病性的解读
这是目前基因检测最关键的部分,需要综合大量信息,主要分为3个方面:
正常对照人群的数据患者病例研究的资料分子遗传学的基础知识
1.正常对照人群数据
正常对照人群数据,致病变异出现的概率是较低的,同时患病人群的生存生育能力相对较差,所以致病变异在正常人群中大量积累的可能性是很低的,也就是说若一个变异在正常人群中的频率较高,那么大概率那个变异是良性的,随着基因组学的推进,此数据库越来越丰富,最初的千人基因组数据库有1,252份数据,具体到人种仅252个东亚人的数据,而现在常用的gnomAD数据库()有125,748份全外显子数据和15,708份全基因组的数据,其中有近万例东亚人的数据,良性变异的解析能力大大提升。数据库不止容量在增大,分析内容也越来越丰富,以前仅有点突变的数据,随着全基因组数据的增多和全外显子算法的精进,还增加了人群基因组结构变异、基因无功能变异和错义变异致病性等分析内容。
2.患者病例研究资料
除了正常人群数据库,患病人群的文献、数据库资料也在不断的积累,截至2021年11月13日,ClinVar数据库()已有1,873,752条变异记录,极大的增强了变异致病性评估的能力(每个人身上都会有很多的变异,并且在不停的产生变异,变异的解读需要文献和数据库的证据支持,一个没有文献数据库记录的错义突变是很难确定其致病性的,仅能评级为临床意义未知,需要结合受检者的疾病家族史才有进一步提升的可能,然后大多这类变异都只能等待研究资料的报道,积攒到足够的证据后才能进行致病性的定性)。ClinGen数据库专家组已经发布了2852个变异的致病性评级,可以直接使用。OMIM数据库()每个月都会有数十个新的基因公布。所有这些不断更新的数据库文献资料都在不断的增强变异的解读能力。
3. 分子遗传学的基础知识
随着基因检测应用的普及,对于分子遗传学的理解也在不断的加深,最明显的是行业规范指南的发布和普及,2015年发布的ACMG指南仅为一个框架,应用上只有经验丰富的从业者才能驾驭,以无功能变异为例,2015年的指南仅数十文字的陈述,而现今有成套的体系流程。
2015年ACMG无功能变异操作描述
目前ACMG无功能变异操作描述
总结
随着正常人群数据库和患者病例文献数据库资料的丰富,以及对遗传病知识了解程度的加深,基因检测的准确性已经大幅度的提高,但还有很多问题尚待解决,需要行业同仁继续努力。大家也可信任医疗级基因检测的报告,相信未来的医疗会更加先进。